台灣已發現和已命名物種有多少呢？自日據時期迄今雖然已有百年以上之歷史，但資料零散不全，正確性亦有待評估，而且一直缺乏有系統之整理，故始終無人知道台灣到底有多少物種或有效的種數？
林務局及國科會生物處分別自2002及2005年起補助中央研究院生物多樣性研究中心所執行的「建置台灣物種名錄計畫」，歷經多年來的努力，集合了全國 160餘位各生物類群頂尖的分類學者的智慧及心血，終於完成了台灣第一本官方物種名錄，共登錄了五萬多種生物。目前共有8界，55門，126綱，610 目，2,900科，50,164本土種。外來種及歸化種等共有8門14綱82目171科644屬1,056種。
林務局表示，已鑑定出種名的已達50,164種來計算，除以台灣的土地面積36,000平方公里，則台灣每單位平方公里約有1.4個物種，遠高於紐西蘭剛出版的國家物種名錄書中53,522/268,200=0.2個物種。台灣陸域土地僅佔全球萬分之2.5，但物種數量卻達全球2.5％，為所有國家平均值的100倍；而台灣海域海洋生物之物種數更是平均值的400倍，種數可達全球總數之1/10，實在值得國人驕傲與珍惜。
林務局指出，就單位面積內所擁有之種數而言，台灣所擁有的昆蟲、植物、脊椎動物或菌類在全球的排名均為名列前茅，以蝴蝶為例就有423種，贏得「蝴蝶王國」的美譽(蝴蝶)。在海裡其實我們也是「蝶魚王國」(44種，全球之冠)。
再者，台灣的「特有種」比例極高。「台灣特有種」是指只分布在台灣，尚未見於全球其他地方的物種；它們不論在研究、保育或利用上都極其重要，也是我們最珍貴的自然資產！台灣的特有物種比例在哺乳類約為71％、鳥類17％、爬蟲類22％、兩棲類31％、淡水魚19％、植物有25％，某些類群的昆蟲更高達 60％。這不但使本地學者在從事生物多樣性研究時佔有地利之便，同時也讓台灣在參與國際合作計畫或生物多樣性之國際組織時，國際上也無法忽視台灣這塊土地的存在。例如在清查全球物種名錄之計畫（Species 2000）中，倘若少了台灣這塊土地上的生物，全球生物多樣性的拼圖即不完整。
全球維護生物多樣性之領導者，美國密蘇里植物園園長， Peter Raven 教授於今年4月4日應邀來台演講時，曾估計台灣至少應該有20-25萬種生物。換言之，台灣仍有3/5分到4/5的物種，迄今仍待分類學家努力去探勘及發現。各物種如能有照片（生態照、標本照、手繪特徵圖）及基本解說，則對生物多樣性的研究、教育、保育，以及農林漁牧之應用，如環評、生態旅遊、資源管理、外來種防制、物種保育等等均發揮極大的功用。
林務局最後強調，未來會持續支持與國際相關的組識及其資料庫合作（Species 2000,GBIF,BOL,EOL…）、交換資料、及相互接軌等重要及有意義的工作，除了能提供最新的國家生物多樣性的一項指標外，也對於提升台灣分類學的能力建設甚有助益。符合國際生物多樣性公約的要求，讓台灣的環境和生態能夠更健康更美好，生物資源可以永續利用。
林務局所出版「2008台灣物種多樣性－I.研究現況及II.物種名錄」兩本書，在政府出版品－國家書店及五南文化廣場展售，其內容亦可從台灣生物多樣性資訊網 TaiBNET (http://taibnet.sinica.edu.tw)及生物多樣性國家入口網TaiBIF (https://portal.taibif.tw)免費下載及查閱。
