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下列為國內外與生物多樣性資訊研究相關或與 TaiBIF 密切合作之政府單位或團體組織，部分單位亦依據不同目的建立生物多樣性開放資料相關資料庫，歡迎大家多加探索及利用！
資料庫
TaiCoL 臺灣物種名錄
為由 TaiBIF 所管理之物種名錄資料庫，提供臺灣物種之分類檢索資訊
Taiwan Encyclopedia of Life 臺灣生命大百科
為由中央研究院數位文化中心所管理之科普型資料庫，提供許多物種的圖片及基本介紹資訊
中央研究院植物標本館
中研院植物標本館主要蒐藏台灣（含附屬島嶼）及東亞維管束植物。特殊的蒐藏有菊科、秋海棠科、鴨跖草科、珍珠菜屬（報春花科）、細辛屬（馬兜鈴科）、魔芋屬（天南星科）、茜草科、地錦屬（大戟科）及茶科。
中央研究院魚類資料庫
臺灣資料庫之目的在提供臺灣魚類的分類資訊，即以魚類名錄為核心，利用學名整合臺灣的魚類資料。內容主要可分為下列幾大項：(1)魚種的基本解說、形態、影像、同種異名、遺傳、分布及利用等資料，(2)標本資料—整合臺灣10個魚類標本典藏單位之資料共約40,000及散佚海外33個機構之臺灣魚類標本資料共約4,800筆資料，(3)分布資料—整合近23萬筆之分布調查資料，(4)文獻資料—含原始描述文獻近1,000
臺灣貝類資料庫
臺灣貝類資料庫已建置有臺灣貝類292科3,818種，是由臺灣貝種名錄、臺灣貝類標本名錄、臺灣貝塚貝類、貝類化石、貝器、貝種科名、地理分布資訊、貝類文獻、貝類新種及新紀錄種名錄、貝字百譜、世界常見貝類、貝類齒舌及微細構造等子資料庫所組成，提供貝類型態特徵、棲息環境、分布地點等訊息，目的在於讓使用者瞭解臺灣貝類的多樣性並能快速查詢臺灣貝類的相關資料。
