【資料論文】eDNA帶你一窺淡水環境生態💦

這是一篇沿著台灣東北部猴洞溪的環境DNA生物多樣性分析紀錄，所撰寫的資料論文(data paper)在今年四月發表於 Biodiversity Data Journal 。熱騰騰的～🔥

👉 https://bdj.pensoft.net/article/116921/

資料論文中提供了兩個資料集，包含在猴洞溪經由環境DNA方法來檢測出的物種出現資料集以及相關的DNA序列。 eDNA（Environmental DNA）即環境DNA，是一項生物檢測的技術，用於從自然環境中採樣樣本中所含不同生物DNA片段，識別當地的生物種類，而不需直接觀察或捕捉這些生物。以往，研究人員為了蒐集在田野間物種的資訊，往往需要耗費許多人力與時間成本，穿梭於不同環境，並採集樣本，然而隨著eDNA技術的出現，在採集與辨識時可以更加的快速，且透過小份的樣本就可獲得更多的物種資訊。透過提取樣本中的eDNA並進行分子生物技術的分析，有助於對當地生物存在的了解，甚至同時還可以用來研究古生物和已滅絕的物種。🧐

這項研究的主要目的是透過使用eDNA方法來檢測河流生態系統中物種的出現，並比較從上遊的猴洞坑瀑布、經過猴洞溪、下埔排水線到下游竹安出海口物種群集的差別。

將採樣水中所定序出來的DNA序列比對基因資料庫，辨識出動物、植物、真菌、原生生物與色藻等不同的物種，並在TaiBIF的協助下，將基因序列公開於歐洲核酸序列資料庫 (ENA) ，並將生物物種的出現紀錄公開在 GBIF平台。由於eDNA技術仍在發展中，且目前的基因資料庫還不完整，因此不是所有的序列都有辦法成功辨識出來，但透過資料的開放與妥善的保存，這些暫時無法辨識物種的出現紀錄與序列，待未來基因資料庫更完整時，將可以重新分析比對，不會“浪費”這些寶貴的資料。🤜 🤛

｜ 關鍵字｜ 河川生態系統 river ecosystem, 物種出現紀錄 species occurrence, 元條形碼 metabarcoding, 細胞色素C氧化酶I基因 cytochrome c oxidase I gene, 真核生物 eukaryota

🌱原始資料集：https://reurl.cc/QZlrMo

🧬DNA https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB60905

照片提供：王敏真