三崁店糖廠是台南最大的諸羅樹蛙棲地，但民間團體進行定期觀測時，卻發現保育類樹蛙數量似乎有減少，推斷是諸羅樹蛙繁殖季降雨量少及登革熱防疫影響，導致諸羅樹蛙沒有良好棲地。
三崁店是保育類諸羅樹蛙在台灣最南端的棲地，該地曾一度要開發為住宅區，但被民間力量擋下，珍貴的樹蛙順利保存下來。而官方對於該區諸羅樹蛙調查僅有2014年農業局記錄的約900多隻，此後再也沒有相關調查。
根據氣象局資料顯示，2017年3到9月的雨量，相較去年同期減少1240.5毫米。 鄭源慶說，另一可能影響因素也和登革熱防疫有關，因高規格防疫讓許多民眾匿名檢舉，以致改變諸羅樹蛙的棲地，錯砍次生林及新設排水溝，使區域內水迅速排走，導致蛙類無法於暫時性積水窪地產卵繁殖下一代。
